El Llibre de Privilegis i altres pèrdues
Miquel Torroella i Plaja, autor de la Història de Palafrugell i la seva comarca i propietari de Fitor, i Josep Gich i Fontanet, farmacèutic, el març de 1879, van demanar poder entrar a l'antic arxiu per obtenir dades històriques de la vila i es van comprometre a posar-hi una mica d'ordre. Però, aquesta última part no es va complir i, a més, el Llibre de Privilegis de Palafrugell va desaparèixer. Josep Pla diu que Torroella se'l va emportar a casa per preparar el seu llibre, i que s'hauria perdut en la dispersió de la biblioteca de l'historiador.
Però la desaparició del Llibre de Privilegis no és pas l'única: el 1926, Ramir Medir i Jofra escriu la Memoria relativa al antiguo Archivo Municipal de la Vila de Palafrugell, on explica que molts dels documents que Pella i Forgas va citar per a la seva Historia del Ampurdán ja no eren a l'arxiu. Medir va elaborar la primera descripció del fons i va deixar constància de l'abandonament i el desordre. A més, va recomanar que es traslladessin els documents, que es trobaven a l'església, a un local habilitat de la Casa Consistorial. Però aquesta proposta es va passar per alt i no va ser fins el 1934 que es va aprovar el trasllat, per tal de millorar la conservació de l'antic arxiu. La nova ubicació seria les golfes de l'edifici destinat a la Biblioteca Popular i l'Escola d'Arts i Indústries.
Malgrat l'aprovació del trasllat, quan l'església es va cremar, l'any 1936, molts documents encara estaven a la parròquia. La sort va ser que estaven dins un armari de fusta molt bona i la majoria s'han pogut conservar, en algun cas, un xic afumats. Només uns quants no es van salvar de les flames, que van cremar durant cinc dies. Aquell mateix any, sense més demores, es va traslladar tot a la Biblioteca Popular, on el desordre va augmentar. Posteriorment, aquest arxiu s'ajuntaria amb el que hi havia a la Casa Consistorial.
El 1964, amb el trasllat de la Casa Consistorial (del carrer dels Valls al carrer de Cervantes), es van vendre alguns dels documents al drapaire. Tot i les pèrdues que ha anat patint el nostre arxiu, el fons documental conservat és molt ric, tant per l'antiguitat com per la quantitat d'informació que s'hi troba.
